综上，我们认为，在扣除土地价款时，要注意以下几个方面：

 1.允许扣除的土地价款是指向政府、土地管理部门或受政府委托收取土地价款的单位直接支付的土地价款。

 这里又扩充解释了：“向政府部门支付的土地价款”，包括土地受让人向政府部门支付的征地和拆迁补偿费用、土地前期开发费用和土地出让收益等。房地产开发企业中的一般纳税人销售其开发的房地产项目（选择简易计税方法的房地产老项目除外），在取得土地时向其他单位或个人支付的拆迁补偿费用也允许在计算销售额时扣除。

注意只有支付给其他单位或个人的拆迁补偿费用允许扣除，其他的必须是向政府部门支付的征地和拆迁补偿费用、土地前期开发费用和土地出让收益等。

2.允许扣除的土地价款所需的凭据：

1.向政府部门支付的：在计算销售额时从全部价款和价外费用中扣除土地价款，应当取得省级以上（含省级）财政部门监（印）制的财政票据。

2.向其他单位和个人支付的：纳税人按规定允许扣除支付给其他单位或个人的拆迁补偿费用时，应提供拆迁协议、拆迁双方支付和取得拆迁补偿费用凭证等能够证明拆迁补偿费用真实性的材料。

3.设立项目公司如何扣除？

房地产开发企业（包括多个房地产开发企业组成的联合体）受让土地向政府部门支付土地价款后，设立项目公司对该受让土地进行开发，同时符合下列条件的，可由项目公司按规定扣除房地产开发企业向政府部门支付的土地价款。

（一）房地产开发企业、项目公司、政府部门三方签订变更协议或补充合同，将土地受让人变更为项目公司；

（二）政府部门出让土地的用途、规划等条件不变的情况下，签署变更协议或补充合同时，土地价款总额不变；

（三）项目公司的全部股权由受让土地的房地产开发企业持有。

 三个条件须同时满足，否则不予扣除。这里尤其要关注项目公司的全部股权是否由受让土地的房地产开发企业持有。

4.什么时候确认增值税纳税义务发生时间、扣除土地价款？如何开票？

房地产企业纳税义务发生时间：以房地产公司将不动产交付给买受人的当天作为应税行为发生的时间。具体交房时间以《商品房买卖合同》上约定的交房时间为准；若实际交房时间早于合同约定时间的，按实际交房时间为准。此时确认销售额，对应计算允许扣除的土地价款。

 房地产企业应按纳税义务发生时间计算缴纳增值税，开具适用税率或者征收率的增值税发票；纳税义务发生之前收取的款项应作为预收款，按照国家税务总局公告2016年第18号的规定向主管国税机关预缴增值税。预缴税款时按照国家税务总局2016年第53号公告规定，房地产开发企业收到预收款开具发票使用“未发生销售行为的不征税项目”下设602“销售自行开发的房地产项目预收款”编码开具增值税普通发票，发票税率栏应填写“不征税”，不得开具增值税专用发票。待正式交易完成后，开具全额的增值税发票时，开具的不征税项目的发票，可不收回。

注意:房地产企业的增值税的纳税义务时间，即对销售额的确认申报，一般比企业所得税确认收入的时点要迟得多。